①正方形四个角都是直角，四条边都相等，所以对应成比例，所以都相似，正确；

②等腰三角形的两底角相等，而与另一个等腰三角形的两个底角不一定相等，所以不一定相似，本选项错误；

③等腰直角三角形都有一个直角，且另两角都是45°的锐角，所以都相似，正确；

④直角三角形斜边上的中线与斜边的一半，所以比为1：2，正确；

⑤两个相似多边形的面积比为4：9，则周长的比应为2：3，本选项错误．

所以①③④三项正确．

故选C．