参考答案：1．总监不应直接致函设计单位，因监理并未承担设计监理任务。发现的问题应向业主报告，由业主向设计单位提出更改要求。总监理工程师不应在取得设计变更文件之前签发变更指令，总监理工程师也无权代替设计单位进行设计变更。
2．总监理工程师应组织专业监理工程师对变更要求进行审查，通过后报业主转交设计单位，当变更涉及安全、环保等内容时，应经有关部门审定，取得设计变更文件后，总监理工程师应结合实际情况对变更费用和工期进行评估，总监理工程师就评估情况和业主、施工单位协调后签发变更指令。
3．甲施工单位答复的不妥之处：工程分包不能解除承包人的任何责任与义务，分包单位的任何违约行为导致工程损害或给业主造成的损失，承包人承担连带责任。
总监理工程师的整改通知应发给甲施工单位，不应直接发给乙施工单位，因乙施工单位和业主没有合同关系。
4．总监理工程师有权签发本次暂停令，因合同有相应的授权。程序有不妥之处，监理工程师应在签发暂停令后24小时内向业主报告。