参考答案：B

解析：《行政诉讼法》第二十七条规定：“同提起诉讼的具体行政行为有利害关系的其他公民、法人或者其他组织，可以作为第三人申请参加诉讼，或者由人民法院通知参加诉讼。”据此，充当行政诉讼第三人必须与被诉具体行政行为存在法律上利害关系，而该开发公司与被诉许可决定存在利害关系，故A项“该开发公司为本案第三人”说法正确。《行政诉讼法解释》第二十三条第一款规定：“原告所起诉的被告不适格，人民法院应当告知原告变更被告；原告不同意变更的，裁定驳回起诉。”据此，在行政诉讼中，人民法院不得依职权主动变更被告，故B项说法错误。
《最高人民法院关于行政案件管辖若干问题的规定》(以下简称《行政案件管辖规定》)第二条规定：“当事人以案件重大复杂为由或者认为有管辖权的基层人民法院不宜行使管辖权，直接向中级人民法院起诉，中级人民法院应当根据不同情况在7日内分别作出以下处理：(一)指定本辖区其他基层人民法院管辖；(二)决定自己审理；(三)书面告知当事人向有管辖权的基层人民法院起诉。”根据该条第三项，本案中的市中级人民法院可以“书面告知当事人向有管辖权的基层人民法院起诉”，而甲区人民法院是本案的管辖法院，故C项表述正确。
《行政许可法》第二十六条第二款规定：“行政许可依法由地方人民政府两个以上部门分别实施的，本级人民政府可以确定一个部门受理行政许可申请并转告有关部门分别提出意见后统一办理……”《行政许可案件规定》第五条规定：“行政机关依据行政许可法第二十六条第二款规定统一办理行政许可的，当事人对行政许可行为不服提起诉讼，以对当事人作出具有实质影响的不利行为的机关为被告。”本题属于统一办理的许可案件，对起诉人附近小区的居民作出实质不利影响行为的机关是市国土资源局，故D项正确。