参考答案：D

解析：《海关法》第六条规定：“海关可以行使下列权力：……(四)……对有走私嫌疑的运输工具、货物、物品和走私犯罪嫌疑人，经直属海关关长或者其授权的隶属海关关长批准，可以扣留；对走私犯罪嫌疑人，扣留时间不超过二十四小时，在特殊情况下可以延长至四十八小时。……”故皇岗海关以“走私犯罪嫌疑”为由扣留，没有刑事诉讼法明确授权，而是根据海关法明确授权实施的行为，应属于行政诉讼受案范围。A项错误。
《行政诉讼法解释》第九条第二款规定：“行政机关基于同一事实既对人身又对财产实施行政处罚或者采取行政强制措施的，被限制人身自由的公民、被扣押或者没收财产的公民、法人或者其他组织对上述行为均不服的，既可以向被告所在地人民法院提起诉讼，也可以向原告所在地人民法院提起诉讼，受诉人民法院可一并管辖。”据此，张三若对扣留和罚款决定一并起诉的，广州市中级法院(作为原告所在地法院)可一并管辖。B项错误。
《行政复议法》第十二条第二款规定：“对海关、金融、国税、外汇管理等实行垂直领导的行政机关和国家安全机关的具体行政行为不服的，向上一级主管部门申请行政复议。”据此，海关案件，只有由上一级海关充当复议机关，同级政府不能充当复议机关，故C项错误，D项正确。