参考答案：监理工程师应通知承包方该批钢材暂停使用，因无三证。通知承包方提交合法的钢材三证，若限期不能提交，通知承包方将钢材退出施工现场；若能提交合法的钢材三证，并经检验合格，方可用于工程。若检验不合格，应书面通知承包方该材料不得使用。
2．(1)业主指定材质、颜色和样品是合理的；
(2)监理工程师不许使用不符合要求的石料合理，这是监理工程师的职责与职权；
(3)要求厂家退货是合理的，因厂家供货不符合购货合同质量要求；
(4)厂家要求承包方支付退货运费不合理，退货是因厂家违约，故厂家应承担责任；业主代扣退货款不合理，因购货合同关系与业主无关；
(5)石料退货应由厂家承担，因责任在厂家。