参考答案：

(1) 特别行政区的设立以及所实行的制度由全国人大以法律来规定，特别行政区是中华人民共和国的一个享有高度自治权的地方行政区域，直辖于中央人民政府，中央人民政府与特别行政区的关系是单一制国家结构形式内中央与地方的关系。特别行政区享有高度的自治权，但不享有主权，也不是一个独立的政治实体，其法律地位相当于省、自治区、直辖市。

(2) 中央对特别行政区行使的权力有：

1) 负责管理与特别行政区有关的外交事务。

2) 负责管理特别行政区的防务。

3) 任命特别行政区的行政长官和行政机关的主要官员。

4) 决定特别行政区进入紧急状态。

5) 修改和解释特别行政区基本法。

(3) 特别行政区享有高度的自治权：

1) 行政管理权。特别行政区依照基本法的规定自行处理特别行政区的行政事务。

2) 立法权。特别行政区的立法机关依照基本法的规定，有权制定适用于特别行政区的法律。

3) 独立的司法权和终审权。特别行政区法院独立进行审判，不受任何干涉，在特别行政区发生的案件由特别行政区法院进行审理，特别行政区法院享有终审权。