参考答案：[答案及解析]
[考点] 《行政许可法》对行政许可设定权、行政许可的程序等方面的相关规定
根据《行政许可法》的规定，本案中的违法之处及理由为：
1．某区政府发文要求经营蔬菜的作坊应当向蔬菜办申请蔬菜生产销售许可证是不合法的。因为根据《行政许可法》的规定，除了法律、行政法规、地方性法规和省、自治区、直辖市人民政府规章外，其他规范性文件都不得设定行政许可，因此某区政府设定行政许可是不合法的。
2．蔬菜办要求交纳100元的申请费是违法的。因为根据《行政许可法》的规定，行政机关实施行政许可时，不得收取任何费用。
3．蔬菜办受理张某的申请后，向张某出具的书面凭证由蔬菜办主任签名是违法的。因为根据《行政许可法》的规定，行政机关受理行政许可申请后，应当出具加盖本行政机关专用印章和注明日期的书面凭证。
4．蔬菜办认为需要对张某的申请材料进行实质性审查时，仅指派沈某一人进行核实是违法的。因为根据《行政许可法》的规定，行政机关需要对申请材料的实质内容进行核实的，行政机关应当指派两名以上工作人员进行核查。
5．蔬菜办在一个半月后才作出行政许可决定是违法的。因为根据《行政许可法》的规定，行政机关应当在受理行政许可申请之日起20日内作出行政许可决定，即便在 20日内不能作出决定，也只能经本行政机关负责人批准延长10日。
6．蔬菜办未听取张某的陈述和申辩，就直接作出决定是违法的。因为根据《行政许可法》的规定，公民、法人或其他组织对行政机关实施行政许可，享有陈述权、申辩权。
7．蔬菜办以张某的生意不好为由拒绝发放蔬菜生产销售许可证的行为是违法的。因为根据《行政许可法》的规定，申请人符合法定条件、标准的，申请人有依法取得行政许可的平等权利，行政机关不得歧视，因此，蔬菜办仅以张某的生意不好为由拒绝给予行政许可显然是违法的。
8．蔬菜办告知张某不得申请行政复议也不得提起行政诉讼是违法的。因为根据《行政许可法》的规定，行政机关依法作出不予行政许可的决定的，应当说明理由，并告知申请人享有申请行政复议或者提起行政诉讼的权利。
9．蔬菜办因张某行贿而注销其蔬菜生产销售许可证是违法的。因为根据《行政许可法》的规定，被许可人以贿赂手段取得行政许可的，应当予以撤销而不是注销。