参考答案：(1)侯某未超过赔偿请求期限。《国家赔偿法》第三十二条规定：“赔偿请求人请求国家赔偿的时效为两年，自国家机关及其工作人员行使职权的行为被依法确认为违法之日起计算，但被羁押期间不计算在内。”本案中县人民检察院与县人民法院违法行为的确认依据是市中级人民法院的二审判决，时间是2000年7月2日，从这一天算起两年内侯某均有权提出赔偿请求。
(2)侯某向县人民法院请求赔偿是正确的。
首先，本案中，县人民检察院和县人民法院为共同赔偿义务机关，《国家赔偿法》第十九条规定：“二审改判无罪的，作出一审判决的人民法院和作出逮捕决定的机关为共同赔偿义务机关。”本案中，作出一审判决的是县人民法院，作出逮捕决定的是县人民检察院，因此他们应为共同赔偿义务机关。
其次，侯某向县人民法院请求赔偿是正确的。《国家赔偿法》第十条规定：“赔偿请求人可以向共同赔偿义务机关中的任何一个赔偿义务机关要求赔偿，该赔偿义务机关应当先予赔偿。”因此县人民法院应当先予赔偿。
(3)侯某的赔偿请求不能全部实现。我国《国家赔偿法》主要是对当事人的直接损害、物质损害给予赔偿。因此，对侯某要求赔偿精神损害费不予支持。
(4)关于赔偿方式，根据《国家赔偿法》第二十五条和第三十条的规定，主要有以下几种：①国家赔偿以支付赔偿金为主要方式。②能够返还财产或者恢复原状的，予以返还财产或者恢复原状。③对依法确认有《国家赔偿法》第三条第(一)、(二)项、第十五条第(一)、(二)、(三)项规定的情形之一，并造成受害人名誉权、荣誉权损害的，应当在侵权行为影响的范围内，为受害人消除影响，恢复名誉，赔礼道歉。
本案中，应采用以支付赔偿金为主并为侯某恢复名誉的赔偿方式。