参考答案：争议发生后重新签订的仲裁协议是有效的。根据《仲裁法》的规定，仲裁协议对仲裁委员会没有约定或者约定不明确的，当事人可以补充协议。长城生物工程研究所与东方实业公司重新签订的仲裁协议指明了具体的仲裁委员会，因而是有效的。