参考答案：D

解析：

A项，从各年数据可以看出，2000-2007年，北京市第三产业内资企业数逐年递增，且每年的增量均大于第一、二产业的变化量，故北京市内资企业数逐年递增，A正确：

B项，2000-2007年，第一产业内资企业数先增加再减少后增加，第二产业内资企业数先增加后减少，第三产业内资企业数一直增加，变化趋势各不相同，B正确：

C项，2003年，北京市内资企业数比上年增加(2955+55429+298625)÷(2735+52024+251010)×100%-1=16.8%，C正确：

D项，2000年第三产业内资企业数占总数的比重为不到八成，D错误。

综上，应选择D。