参考答案：D

解析：“几乎”是副词，表示“非常靠近，相差的距离非常小”；“大概”作为副词的意思是“表示不十分精确”；“接近”是动词，表示“靠近、相差不远”；“将近”是副词，表示“时间、数量等快要接近”。根据题意，这本书包含着李时珍差不多30年的心血，所以第一个空格中可以填入“几乎”“大概”或“将近”。
“揭露”的意思是“使隐蔽的事物显露出来，让人看到”；“改正”的意思是“把错误的改成正确的”；“揭发”的意思是“让隐蔽的坏人、坏事显露出来”；“纠正”的意思是“让自己或别人改正缺点、错误”。根据题意，第二个空格中可以填入“改正”或“纠正”。
“分析”的意思是“把一件事物、一种现象、一个概念分成简单的组成部分，找出这些部分的特点和相互之间的联系”；“分布”的意思是“散布在一些地区里”；“归类”的意思是“把事物放入已有的类别中”；“分类”的意思是“根据事物的特点分出不同的类别”。根据题意，第三个空格中可以填入“分析”“归类”或“分类”。
综合以上三项，正确答案是D。