参考答案：C

解析： 本题考点是行政许可程序。选项 A错误，根据《行政许可法》第63条，行政机关实施监督检查，不得妨碍被许可人正常的生产经营活动，不得索取或者收受被许可人的财物，不得谋取其他利益。该县政府在实地检查时要求所有矿山停产准备检查，违反了该法第63条的规定。
选项B错误，根据《行政许可法》第69条第1款规定，有下列情形之一的，作出行政许可决定的行政机关或者其上级行政机关，根据利害关系人的请求或者依据职权，可以撤销行政许可:…… (4)对不具备申请资格或者不符合法定条件的申请人准予行政许可的；……因此对于B项中的情况，行政机关应当撤销该行政许可，而不是注销。这里要注意撤销许可和注销许可的不同含义和适用的不同情况。
选项C正确，根据《行政许可法》第77条规定，行政机关不依法履行监督职责或者监督不力，造成严重后果的，由其上级行政机关或者监察机关责令改正，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
选项D错误，根据《行政许可法》第69条第2款和第4款规定，有下列情形之一的，作出行政许可决定的行政机关或者其上级行政机关，根据利害关系人的请求或者依据职权，可以撤销行政许可:……(4)对不具备申请资格或者不符合法定条件的申请人准予行政许可的:……，依照本条第 1款的规定撤销行政许可，被许可人的合法权益受到损害的，行政机关应当依法给予赔偿。依照本条第2款的规定撤销行政许可的，被许可人基于行政许可取得的利益不受保护。因此，该县行政机关应当赔偿乙厂相应损失。