答案：B

本题考查的是分子、原子、离子、元素与物质之间的关系。一般由原子构成的物质有：金属单质、非金属固体单质、稀有气体单质，且一定是单质；由离子构成的物质中一般既含有金属元素，也有非金属元素，一定是化合物；而由分子构成的物质只有非金属元素，可能是单质也可能是化合物。

A、金刚石是非金属固体单质，是由碳原子构成的物质，故A错误；

B、氧气是由氧分子构成的，故B正确；

C、氯化钠是由钠离子和氯离子构成的，故C错误；

D、铜是由铜原子构成的金属单质，故D错误。故选B