参考答案：(1)南方乙保健器械厂如果所述属实，它们可以申请专利管理机关宣告甲厂的专利无效，因为甲厂的专利不具有新颖性。根据《专利法》规定，授予专利权的发明和实用新型，应当具备新颖性、创造性和实用性。新颖性，是指在申请日以前没有同样的发明或者实用新型在国内外出版物上公开发表过、在国内公开使用过或者以其他方式为公众所知，也没有同样的发明或者实用新型由他人向国务院专利行政部门提出过申请并且记载在申请日以后公布的专利申请文件中。如果南方乙保健器械厂所述属实，那么甲厂的“按摩靠垫”实用新型专利在申请日以前已经存在，其不符合新颖性的要求。根据《专利法》的规定，自国务院专利行政部门公告授予专利之日起，任何单位和个人认为该专利权的授予不符合本法有关规定，可以请求专利复审委员会宣布该专利权无效。因此，南方乙保健器械厂有理由申请专利复审委员会宣布该专利无效。
(2)南方乙保健器械厂如果所述属实，而专利复审委员会驳回其申请，它们可以向人民法院起诉。根据《专利法》规定，专利复审委员会对宣告专利权无效的请求，应当及时审查和作出决定，并通知请求人和专利权人。宣告专利权无效的决定，由国务院专利行政部门登记和公告。对专利复审委员会宣告专利权无效或者维持专利权的决定不服的，可以自收到通知之日起3个月内向人民法院起诉。人民法院应当通知无效宣告请求程序的对方当事人作为第三人参加诉讼。南方乙保健器械厂如果所述属实，而专利复审委员会驳回其申请，南方乙保健器械厂就可以向人民法院起诉。
(3)如果甲厂的专利被宣告无效，某医疗器械公司可以要求甲厂退回全部或部分专利转让费。根据《专利法》规定，宣告无效的专利视为自始即不存在。宣告专利权无效的决定，对在宣告专利权无效前人民法院作出并已执行的专利侵权的判决、裁定，已经履行或者强制执行的专利侵权纠纷处理决定，以及已经履行的专利实施许可合同和专利权转让合同，不具有追溯力。但是因专利权人的恶意给他人造成的损失，应当给予赔偿。如果依照前款规定，专利权人或者专利权转让人不向被许可实施专利人或专利权受让人返还专利使用费或者专利权转让费，明显违反公平原则，专利权人或专利权转让人应向被许可实施专利人或者专利权受让人返还全部或者部分专利使用费或者专利权转让费。本案中，专利权受让人某医疗器械公司未及生产，丝毫利益没有获得，如果不予适当返还专利转让费，明显违反公平原则，故甲厂应当返还全部或部分专利权转让费。
(4)甲厂专利权的有效期为10年。根据《专利法》规定，发明专利权的期限为20年，实用新型专利权和外观设计专利权的期限为10年，均自申请日起计算。本案中，甲厂的专利权是实用新型专利权，其有效期为10年。
(5)甲厂可以与南方乙保健器械厂协商解决；不愿协商或协商不成，甲厂可以向人民法院起诉，也可以请求管理专利工作的部门处理。根据《专利法》规定，未经专利权人许可，实施其专利，即侵犯其专利权，引起纠纷的，由当事人协商解决；不愿协商解决或者协商不成的，专利权人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求管理专利工作的部门处理。管理专利工作的部门在处理时，认定侵权行为成立的，可以责令侵权人立即停止侵权行为，当事人不服的，可以自收到处理通知之日起15日内依照《中华人民共和国行政诉讼法》向人民法院起诉；侵权人期满不起诉又不停止侵权行为的，管理专利工作的部门可以申请人民法院强制执行。进行处理的管理专利的工作的部门应当事人的请求，可以就侵犯专利权的赔偿数额进行调解；调解不成的，当事人可以依照《中华人民共和国民事诉讼法》向人民法院起诉。因此，甲厂可以与南方乙保健器械厂协商解决；不愿协商或协商不成，甲厂可以向人民法院起诉，也可以请求管理专利工作的部门处理。
(6)甲厂可以获得的赔偿数额可以以南方乙保健器械厂所获利50万元确定。根据《专利法》规定，侵犯专利权的赔偿数额，按照权利人因被侵权所受到的损失或者侵权人因侵权所获得的利益确定；被侵权人的损失或者侵权人获得的利益难以确定的，参照该专利许可使用费的倍数合理确定。本案中，南方乙保健器械厂擅自使用他人专利权，获利50万元，故甲厂可以获得的赔偿数额可以以50万元确定。