参考答案：D

解析： 考查直言命题的负命题。题干是直言命题“所有的食品店都有卫生许可证”的矛盾命题，等值于“有的食品店没有卫生许可证”，D项正确。A项无法由题干推出；根据题干并不能推出是否是少数没有卫生许可证，因此B、C两项错误。