参考答案：B

解析：

6月份是夏季，普遍高温，城区与郊区的温差小，生态区甚至比郊区温度低。12月是冬季，北方气候寒冷，导致城市热岛效应强度差异大。所以该城区6月和12月热岛效应强度差异的主要因素是气候状况，B对。人口数量、建筑物密度、交通通达度不是主要原因，A、C、D错

【点评】本题旨在考查城市功能区，影响功能区分布的因素，城市热岛效应强度差异的原因。