参考答案：B

解析：

当年SCI收录论文总数故2003—2006年．每年SCI收录论文总数分别是≈1111339（篇）；2004年，≈1056667（篇）2005年，≈1299543(篇)；2006年，≈1212675(篇)。即2004年SCI收录论文总数最少。故本题正确答案为B。