参考答案：(1)农业生态系统(agroecosystem)是指在人类的积极参与下，利用农业生物种群和非生物环境之间及农业生物种群之间的相互关系，通过合理的生态结构和高效的生态机能，进行能量转化和物质循环，并按人类的意愿进行物质生产的综合体。
(2)农业生态系统与自然生态系统的本质区别在于：农业生态系统具有以人类需要的农副产品为中心内容的社会经济和技术力量的投入，并作为系统重要的组成成分之一，影响着系统的存在与发展。