参考答案：(1)在自然物质循环的各个环节都要产出一批农、林、牧、渔产品和副产品。
(2)通过向系统中投入一定量的经济物质(如化肥、农药)，促使系统产出增多。
(3)农业经济系统在加工生产、流通和消费过程中必然产生部分废弃物质，这些物质最终将以不同形式、通过不同途径返回农业生态系统，再次成为农业生态系统中循环的自然物质。