参考答案：

解析：1．不妥。省重点工程应当经省政府批准，方可采用邀请招标方式。 2．有不妥之处。 (1)提交投标文件的时间不妥。建设单位9月1日发售招标文件，9月10日为提交投标文件截止之日不妥。该工程为必须进行招标的项目，自招标文件开始发出之日起至投标人提交投标文件截止之日止，不得少于20日。 (2)开标时间不妥。招标文件规定开标时间为9月10日下午3点与投标截止时间不一致，违反《招标投标法》的规定。开标应当在招标文件规定的提交投标文件截止时间的同一时间公开进行。 (3)评标方法不妥。最低投标价法一般适用于普通技术的采购项目，而该工程“结构复杂，特殊生产工艺，技术难度高”，应采用综合评估法。 3．有不妥之处。 (1)评标委员会有“省招标投标监督管理办公室1人，公证处1人”不妥。评标委员会应当由“招标人代表和有关技术、经济等方面的专家组成”。 (2)“经济、技术专家4人”少于法定人数。技术、经济等方面的专家不得少于评标委员会成员总数的2/3，至少为5人。 4．不妥。首先，“E单位的报价最低，但其要求合同工期为3．5个月，”E单位的投标属于重大偏差，应属废标。其次，招标人应当根据评标委员会推荐的中标候选人确定中标人。 5．有违规之处。招标人“于9月12日向E单位发出了中标邀请书。双方于2005年10月14日签署合同协议书，并约定合同工期为3个月。”有两处违规。一是签订合同的日期违规，“招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日”订立书面合同；二是“约定合同工期为3个月”违规，招标人和投标人应当“按照招标文件和中标人的投标文件”订立书面合同。