答案：D

A、原子是化学变化中的最小粒子，但并不意味着原子就是最小的粒子，原子还可以继续被分成更微小的粒子，如质子、中子、电子；故A错误；

B、钠原子变成钠离子的过程中电子数减少了1个而3数不变，故B错误；

C、任何物质的分子之间都有间隔，本题中二氧化碳气体变成干冰只是分子间的间隔变小，但是间隔依然存在，故C错误；

D、分子、原子和离子都可以直接构成物质，它们是构成物质的三种基本微粒，故D正确．

故选D．