参考答案：A

解析：A．重组DNA技术最基本的工具是限制酶、DNA连接酶和运载体;正确。B．限制酶都只能识别一种特定的核苷酸序列，具有特异性；错误。C．DNA连接酶连接的是磷酸二酯键；错误。D．常用同种的限制性核酸内切酶处理目的基因和质粒，形成相同的黏性末端；错误。