参考答案：(1) 如果管理层修改了财务报表，注册会计师应当根据具体情况实施必要的审计程序，并针对修改后的财务报表出具新的审计报告。并且，新的审计报告日期不应早于被审计单位董事会或类似机构批准修改后的财务报表的日期。
(2) 如果管理层拒绝修改财务报表，并且审计报告尚未提交给被审计单位，注册会计师应当出具保留意见或否定意见的审计报告。
(3) 如果管理层拒绝修改财务报表，并且审计报告已提交给被审计单位，注册会计师应当通知被审计单位治理层不要将财务报表和审计报告向第三方报出。如果财务报表仍被报出，注册会计师应当采取措施防止财务报表使用者信赖该审计报告。注册会计师采取的措施取决于其自身的权利、义务以及征询的法律意见。