答案：D

分析：利用单质和化合物的概念，纯净物和混合物的判别，物质的元素组成解答此题．

解：A、化合物是由两种或两种以上元素组成的纯净物．故A对；

B、物质可以以单质状态存在，也可以以化合物状态存在，故B对；

C、红磷、白磷是由磷元素组成的不同单质，所以他们的性质有所不同，故C对；

D、纯净物是由一种物质组成的物质．不一定由同种分子构成，可以是同种原子，故D错．

综上，故选D．