参考答案：信赖保护原则是行政许可法的一项重要原则，根据信赖保护原则要求，行政许可一般不能撤回，只有在法律、法规、规章修改或者废止，或者准予行政许可所依据的客观情况发生重大变化的，为了公共利益的需要，才可以撤回。撤回后行政机关必须补偿被许可人的信赖损失。另外，行政许可行为是违法行为时，如果申请人没有过错的，其不利的法律后果应当由行政机关承担，但申请人有过错的 (用欺骗、贿赂等不正当手段取得许可)的除外。
　　本题涉及两方面内容：一是行政许可的设定，所谓行政许可的设定，通俗地讲就是谁有权通过何种方式决定何种事项采取行政许可；二是信赖保护原则的内容，根据信赖保护原则，已经生效的行政许可一般不能撤回，目的是为受益人提供保护。
　　1．市政府无权通过决定的方式设定三轮摩托车客运许可事项。根据《行政许可法》第16、17条的规定，其他规范性文件一律不得设定行政许可，市政府的文件属其他规范性文件，因此不能设定有关客运许可。
　　2．交通管理部门颁发张某许可证的行为违法，一是达到了应许可的数量不能再发许可，二是办理许可不能收费，三是办理人员向张某索取财物的行为也违反了法律的规定。交通管理部门作为行政许可的实施机关，颁发客运许可证应当按照有关许可的条件、标准、数量等规定进行，否则实施许可的行为构成违法。另外，根据《行政许可法》第27条规定，办理许可时不得索取或者收受申请人的财物，因此向张某索要1000元的行为是违法的。按照《行政许可法》第58条的规定，行政机关实施行政许可一般不得收取任何费用，所以500元的收费也违法。
　　3．由于颁发客运许可所依据的客观情况发生了变化，可以撤回，但对于被许可人所造成的损害，应当给补偿。《行政许可法》第8条的规定是信赖保护原则，根据这一原则，已经生效行政许可只有在法定情形下才能撤回，本题属于准予行政许可所依据的客观情况发生了重大变化，所以，可以撤回。
　　4．如果收回张某的客运许可证，应当给予张某补偿，因为张某申请许可证的行为没有过错。对于张某应当给予补偿的原因是：虽然张某获得的行政许可是违法的许可，但张某在此没有过错，过错在于实施行政许可的机关，由此产生的不利后果应由行政机关承担，而不能由张某承担。对此可以参见《行政许可法》第69条的规定。