参考答案：没有丧失民事请求权。

解析：原告导航公司行使诉权没有超过法律规定的诉讼时效，因为原告的民事权益受到侵犯后，自1996年11月起曾多次找被告单位索赔，因为始终得不到解决才于2000年9月12日起诉的，符合我国《民法通则》第 135条关于向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为2年，以及第140条关于“诉讼时效因提起诉讼、当事人一方提出要求或者同意履行义务而中断。从中断时起，诉讼效期间重新计算”之规定。可见，原告并未丧失程序意义上的诉权和实体意义上的诉权。
　　既然没有丧失程序意义上的诉权(起诉权)和实体意义上的诉权(胜诉权)，那么原告也就没有丧失实体民事权利(民事请求权)。退一步讲，即使原告丧失了程序意义上的诉权与实体意义上的诉权，原告也未丧失民事实体权利。因为在我国法上，原告超过了诉讼时效后，丧失的权利是胜诉权，而非民事实体权利本身。