参考答案：

解析：(1)法院可指定甲为破产管理人。根据破产法规定，有下列情形之一的，不得担任管理人：(—)因故意犯罪受过刑事处罚；(二)曾被吊销相关专业执业证书；(三)与本案有利害关系；(四)人民法院认为不宜担任管理人的其他情形。乙因故意犯罪受过刑事处罚，因此不能担任；丙与本案有利害关系，因此不能担任。甲虽受过刑事处罚，但并非故意犯罪，因此仍可以担任破产管理人。 (2)造纸厂与A、B、C企业的合同均应按解除处理。根据破产法规定，管理人自破产申请受理之日起2个月内未通知对方当事人，或者自收到对方当事人催告之日起30日内未答复的，视为解除合同。管理人决定继续履行合同的，对方当事人应当履行；但是对方当事人有权要求管理人提供担保。管理人不提供担保的，视为解除合同。A企业于破产申请受理之日起2个月内未得到通知，合同视为解除；B企业于破产申请受理之日起2个月内得到了合同解除通知，合同解除；C企业虽得到合同继续履行通知，但由于管理人不提供担保，合同同样视为解除。 (3)执行程序应当终止，造纸厂机器应计入破产财产；与E企业的诉讼应在管理人接管后继续进行；E企业对房产行使抵押权的执行程序不受影响，应当继续进行。根据破产法规定，人民法院受理破产申请后，有关债务人财产的保全措施应当解除，执行程序应当中止。但物权担保债权人对担保物享有优先受偿权，其就担保物的执行，不会损害其他债权人的利益，无违反公平清偿原则。保全措施解除后，财产计入破产财产；执行程序中止后，债权人凭生效的法律文书向受理破产案件的人民法院申报债权。人民法院受理破产申请后，已经开始而尚未终结的有关债务人的民事诉讼或者仲裁应当中止；在管理人接管债务人的财产后，该诉讼或者仲裁继续进行。 (4)造纸厂与F、G企业的抵销程序不合法。F企业在破产申请受理后取得他人对债务人的债权，因此不得主张抵销；与G企业抵销的请求应由债权人G企业提出，而不应由造纸厂提出，因此不合法。 (5)F企业的申请不能得到批准。根据破产法规定，债务人的保证人或者其他连带债务人尚未代替债务人清偿债务的，以其对债务人的将来求偿权申报债权。但是，债权人已经向管理人申报全部债权的除外。I企业的申请可以得到批准。根据破产法规定，债权人可以在破产财产最后分配前补充申报；但是，此前已进行的分配，不再对其补充分配。为审查和确认补充申报债权的费用，由补充申报人承担。