参考答案：（1）酶的稳定性较差：除了某些耐高温的酶，以及胃蛋白酶等可以耐受较低的pH条件以外，大多数的酶在高温、强酸、强碱和重金属离子等外界因素影响下，都容易变性失活。

（2）酶的一次性使用：酶一般都是在溶液中与底物反应，酶在反应系统中与底物和产物混在一起，反应结束后，即使酶仍有很高的活力，也难于回收利用。这种一次性使用酶的方式，不仅使生产成本提高，而且难于连续化生产。

（3）产物的分离纯化较困难：酶反应后成为杂质与产物混合在一起，无疑给产物的进一步分离纯化带来一定的困难。