参考答案：(1)移民安置问题。南水北调在实施过程中要在多地区实行大规模移民，由于安置人口多、搬迁时间紧、搬迁安置强度大，移民的住房安置、异地就业、移民补偿、与当地居民的融合等问题广泛存在，考验着政府部门的执政智慧。
(2)工程质量问题。南水北调工程在建设过程中，由于相关部门监督不严、执法不力，频繁出现偷工减料、违反操作程序施工等问题，给工程的质量带来了严重的隐患。
(3)经济腐败问题。南水北调工程投资额巨大，巨额资金使部分人铤而走险，走上了违法犯罪的道路。加之相关部门监督不严、程序不透明、制度不健全，使这一问题更趋严重。