参考答案：分子标记指在DNA分子水平，对具有相对差异的等位基因DNA多态性的标记，广泛存在于高等生物编码区和非编码区，是DNA水平上遗传变异的直接反映。用于基因定位的分子标记主要有：
(1)限制性酶切片段长度多态性(RFLP)：在不同物种间同源DNA序列上的限制性内切酶识别位点出现差异，经适当限制性内切酶切割形成长度不同的片段，通过分子杂交技术，便能得到DNA的限制性片段长度多态性图谱。
与传统的遗传标记相比，RFLP标记具有下列特点：A．无表型效应，不受环境条件和发育阶段的影响；B．限制片段长度的差异以简单的共显性方式遗传；C．非等位的标记之间不存在上位效应；D．标记源于基因组DNA的变异，数量上几乎不受限制。
RFLP特别适合于遗传作图，可靠性较高；能够区别杂合体和纯合体；易于量化。但不足之处是需制备放射性探针和进行Southern杂交，因而比较费时，对人体健康带来不良影响，对环境有污染。随着非放射性标记的应用，这一问题将会逐步得到解决。此外，该技术对DNA含量与纯度的要求高，多态性水平低，技术难度高，适合于单/低拷贝DNA的检测。
(2)随机扩增多态性DNA(RAPD)：用一组单链DNA作为随机引物，则单一引物会结合在基因组DNA的反向重复序列上，若在其之间的DNA遗传特性发生变化，PCR产物表现其差异性，经电泳分离后，就可检测出被扩增的DNA多态性。
RAPD在基因组研究方面表现出其独到的特点和优势：A．可以快速定向寻找同所定位基因相连锁的DNA标记；B．对缺乏任何分子生物学研究背景的物种，可以进行基因组指纹图谱的构建，并通过统计学分析为物种进化和分类研究提供DNA分子水平的证据；C．可直接对基因组进行连锁标记作图；D．所用随机引物为人工定序合成，可用于任何基因组研究，适合于商业化大规模生产，使研究费用大大降低。
(3)扩增片段长度多态性(AFLP)：将DNA用两种限制性内切酶酶切，然后进行特异性PCR扩增，如果DNA片段遗传特性发生改变，则酶切片段数目、长短发生变化，扩增结果可以通过凝胶电泳显示其多态性。
AFLP兼具RFLP和RAPD的优点，因而被认为是迄今为止最有效的分子标记。其优点如下：具较高的可靠性和高效性、具有共显性和显隐性、多态水平最高、检测位点最多、操纵简便、分子识别率最高、速度快、T_m值高、DNA用量少等，但成本较高，对技术要求苛刻等。
(4)简单序列长度多态性(SSLP)：其重复单位首尾相连，成串排列，又称为数目可变的串联重复序列(VNTR)，重复单位相对较小，由重复单位的序列差异和数目变化，可形成丰富的多态性。包括小卫星序列和微卫星序列。如人类和动物基因组中的串联重复排列的DNA序列，由2～70 bp重复几次、几十次串联而成。
(5)单链构象多态性(SSCP)：利用PCR特异扩增出基因组的目的DNA片段，变性后形成的单链DNA在自然条件下能形成一定的空间构象，并且这种空间构象由DNA链的碱基序列决定，若碱基发生变化，将在电泳图谱上表现出不同生物个体的特异性，即多态性。
(6)单核苷酸多态性(SNP)：不同个体基因组DNA序列同一位置上的单个核苷酸的差别，即分散在基因组中的单个碱基的变异。其变异包括单碱基的转换、颊换以及单碱基的插入/缺失等。这些具有单个核苷酸差别的基因座、DNA序列等可用作基因组作图的标记。人的基因组平均每1300 bp有一个SNP，其中有些SNP可能与疾病有关，但绝大多数也许与疾病无关。