参考答案：B

解析：蛋白质工程指以蛋白质的结构规律及其与生物功能的关系作为基础，通过基因修饰或基因合成，对现有蛋白质进行基因改造，或制造一种新的蛋白质，以满足人类的生产和生活的需要。A．由概念可知：蛋白质工程是在分子水平上对现有蛋白质的基因分子进行操作B．由概念可知：蛋白质工程能产生出自然界中不曾存在过的新型蛋白质分子。C．对蛋白质的改造是通过直接改造现有蛋白质的基因来实现的。D．蛋白质工程的流程和天然蛋白质合成的过程是不完全相同的。考点：本题考查蛋白质工程的相关知识。点评：蛋白质工程的原理（实质）是：改造基因。蛋白质工程的过程：（1）根据中心法则逆推以确定目的基因的碱基序列：预期蛋白质功能→设计预期的蛋白质结构→推测应有氨基酸序列→找到对应的脱氧核苷酸序列(基因)；（2）进行基因修饰或基因合成；（3）最终还是回到基因工程上来解决蛋白质的合成。因此蛋白质工程生产合成的蛋白质是自然界中不存在的新型蛋白质分子。