参考答案：D

解析：

基因突变是DNA分子中发生碱基对的置换、增添和缺失，而引起的基因结构的改变，A正确。基因突变但是不一定改变性状，编码的蛋白质有可能相同，B正确。蛋白质合成中使用的是同一套遗传密码子，C正确。等位基因是位于同源染色体相同位置上决定同一性状的不同表现型，在减数第一次分裂后期随着同源染色体的分离而分离，进入到配子中，D正确。

考点：本题考查基因突变的有关知识，意在考查考生理解所学知识的要点，把握知识间的内在联系的能力。