参考答案：C

解析：

染色体中DNA的一个碱基对缺失属于基因突变，A错误；染色体变异、可以用光学显微镜直接观察，而基因突变不可以，B错误；同源染色体上非姐妹染色单体之间互换了某一片段属于基因重组，非同源染色体上非姐妹染色单体之间互换了某一片段属于染色体变异，C正确；染色体变异可以发生在有丝分裂或减数分裂过程中，D错误。

考点：本题考查变异的相关知识，意在考查考生理解所学知识的要点，把握知识间的内在联系的能力。