参考答案：C

解析：

Y和y的关系是等位基因，等位基因是基因突变而来，所以碱基序列存在差异，故选C。

考点：本题考查基因的概念等相关知识，意在考查考生能理解所学知识的要点，把握知识间的内在联系的能力。