参考答案：D

解析：

豌豆控制高茎的基因和控制矮茎的基因是一对等位基因，其中一个基因由另一个基因突变而来，脱氧核苷酸排列顺序不同，故A错。等位基因控制同一性状的不同表现，故B错。基因是有遗传效应的DNA判断，都是有4种脱氧核苷酸组成，故C错。等位基因位于一对同源染色体的相同位置，故D正确。

考点：本题考查等位基因相关知识，意在考查考生能理解所学知识的要点，把握知识间的内在联系，形成知识的网络结构能力。