参考答案：（1）细菌、霉菌、酵母、植物细胞壁的去除

（2）大分子切割方面的应用，包括咸志喜核酸内切酶、DNA外切核酸酶、碱性磷酸酶、核酸酶S1、自我剪切酶、RNA剪切酶

（3）分子拼接方面的应用，DNA连接酶、DNA聚合酶、末端脱氧核苷酸转移酶、反转录酶、自我剪接酶