参考答案：C

解析：

ATP参加光合作用的暗反应是在叶绿体基质，生成ADP和磷酸，再参加类囊体膜上的光反应，因此，在叶绿体基质磷酸含量最高，C正确。

考点：本题考查光合作用相关知识，意在考查考生能理解所学知识的要点，把握知识间的内在联系的能力。