参考答案：mRNA（或蛋白质）

解析：细胞分化的实质是基因选择性表达的结果。所以造成细胞e和细胞f在形态结构和生理功能上出现差异的主要原因是两种细胞内的不同基因转录形成的mRNA不完全相同，进而合成的蛋白质不完全相同。