参考答案：D

解析：

囊性纤维病患者中，编码一个CFTR蛋白的基因缺失了3个碱基，这种变异属于基因突变，A错误；人类白化病症状是基因通过控制酶的合成，控制代谢过程而间接控制生物体的性状来实现的，B错误；，基因与性状呈线性关系，即一种性状由一个基因控制或多个基因控制，或一个基因控制一个或多个性状，C错误；皱粒豌豆种子中，编码淀粉分支酶的基因被打乱，不能合成淀粉分支酶，淀粉含量低而蔗糖含量高，D正确。

考点：本题考查基因与性状的关系及变异的知识。意在考查能理解所学知识的要点，把握知识间的内在联系的能力。