参考答案：C

解析：

基因通过转录和翻译指导蛋白质的合成，其比值关系是DNA的碱基数：RNA的碱基数：氨基酸数=6：3：1，故在不考虑非编码序列的情况，该基因控制合成的蛋白质最多有氨基酸分子数目=9000÷6=1500，C项正确。

考点：本题考查基因指导蛋白质合成的相关计算，意在考查考生能用文字、图表以及数学方式等多种表达形式准确地描述生物学方面的内容的能力。