参考答案：

差异：中国：古代传统科技；西方：近代科技。

原因：经济：中国封建经济占主导地位，西方资本主义兴起。

思想：中国思想控制强化，西方文艺复兴和宗教改革促进思想解放。

解析：本题主要考查学生运用所学知识解决问题的能力。尊重材料是做对历史题目的唯一秘籍。而通过材料并结合所学知识不难发现。（1）16至17世纪中叶中西方科技的根本性差异具体体现在中国仍然是古代传统科技，而西方已经是近代科技，科技上是存在着“代沟”的，中国的仍然是古代的，而西方已经是近代的。而存在差异的经济和思想原因分别是指中国封建自然经济占主导地位，西方资本主义早已经兴起，以及中国思想控制强化，西方文艺复兴和宗教改革促进思想解放等等角度作出合理的解答即可。