参考答案：D

解析：不同细胞的RNA可能相同，如ATP合成酶的mRNA，A错误；不同细胞中也有相同的酶，如ATP合成酶，B错误；同一生物体不同细胞中核基因都相同，它们都是来自于同一个受精卵，C错误；细胞分化是基因选择性表达的结果，不同细胞中蛋白质不都相同，D正确；考点：本题考查细胞分化相关知识，意在考查考生识记所列知识点，并能运用所学知识做出合理的判断或得出正确的结论的能力。