参考答案：C

解析：有氧呼吸与无氧呼吸，第一阶段都是在细胞质基质中进行，B错；都有ATP生成，C错；对有机物的氧化分解不彻底是无氧呼吸过程中出现的，D错；产物有水是有氧呼吸的第三阶段生成的，C正确。

考点：本题考查有氧呼吸与无氧呼吸的相关知识，意在考查考生理解所学知识的要点，把握知识间的内在联系的能力。