参考答案：C

解析：明清之际，由于政府的重农抑商政策，商人们在经商致富后，往往把资本转向购买田地和进行科举考试，这严重的阻碍了资本的扩大再生产，影响了商品经济的发展。故选C。AB项不是最主要的消极影响；D项说法错误，晋商的行为有利于农业的稳定和发展，在一定程度上有利于农业经济的商品化。