参考答案：A

解析：

流经该生态系统的总能量是生产者固定的总能量，故A错误；农民除草、灭虫的目的是调整能量流动的方向，使能量更多地流向对人类有益的地方，故B正确；食物网中含有5个种群，生态系统中含有分解者，则含有种群应该是5个以上，故C正确；大田轮作（每年轮换种植不同作物）可改变原有营养结构，提高减轻病虫害，故D正确。

考点：本题考查生态系统的结构、能量流动和生态系统的稳定性等相关知识，意在考查学生的识记和理解能力。