参考答案：A

解析：

该题考查系统优化的方法以及两点论与重点论相统一原理等知识点，题干说加强改革顶层设计和总体规划，全面协调推进，体现了系统优化的方法，重点解决体制性障碍和深层次矛盾，全面协调推进，体现了既抓主要矛盾又统筹兼顾，即两点论与重点论的统一的，故①③符合题意，②与题意不符，材料体现的是主次矛盾，而不是主次方面，④观点错误，整体功能不一定等于部分功能之和，故答案应选A。

考点：系统优化的方法、两点论与重点论相统一原理