参考答案：D

解析：

题中材料“推动京津冀协同发展，着力加强顶层设计，调整优化城市布局和空间结构，构建现代化交通网络系统，真正实现1+1+1>3的效果”，强调的是要坚持系统优化的工作方法，注重事物内部结构的优化趋向，用综合的思维方式来认识事物。由此可见，D项符合题意，可以入选；A项中“基于自身需要建立自在事物联系”的表述违背的事物联系的客观性，是错误的，故不能入选；C项中“用整体发展替代部分发展”的表述是错误的，亦不能入选；B项表述正确但不符合材料主旨，故不能入选。因此，答案是D项。

考点：本题考查坚持系统优化的工作方法。