参考答案：C

解析：

氨基酸脱水缩合形成蛋白质的过程中，脱去水分子会损失一部分相对分子质量，脱去水的个数为：51-2=49。欲求该蛋白质的相对分子质量，用51个氨基酸总的相对分子质量减去脱去水分子的分子质量即：128×51-18×49=5646，故选C。

考点：本题考查氨基酸形成蛋白质的相关计算，意在考查考生能理解所学知识的要点，把握知识间的内在联系。