参考答案：

（1）在深入实际，调查研究的基础上提出建议，体现了一切从实际出发。

（2）从不同的地点采集水样，进行化验，体现了全面看问题。

（3）建议的内容先引水，再治水，体现了两点论和重点论相统一

解析：

本题是以某中学课题组的研究为背景材料，考查该课题组的研究过程及建议主要体现了所学的哪些哲学道理，结合材料，“展开研究性学习。进行调研、在A.B.C三处采集水样化验、、提出首先从D处引水，解决城市供水的燃眉之急，停建A处化工厂，同时治理B.C处水质等建议”，可从一切从实际出发、全面看问题、坚持两点论和重点论的统一等角度考虑。

考点：本题综合考查方法论，如一切从实际出发、全面看问题、两点论和重点论的统一等观点。