参考答案：D

解析：

提取色素最好用含有叶绿体的植物，番茄果实不含叶绿体，故A错误。西瓜皮也不含叶绿体，故B错误。暗培养的绿豆芽叶不含有叶绿体，故C错误。菠菜叶片含有叶绿体，故D正确。

考点：本题考查色素提取相关知识，意在考察考生对知识点的识记理解掌握程度。